Le respect par les associés des critères d’agrément, notamment leur travail effectif et permanent au sein du GAEC, est contrôlé régulièrement par l’administration. Le constat d’un non respect des critères d’agrément pourra conduire à la perte de la transparence ou au retrait de l’agrément du GAEC.

Le retrait d’agrément peut être prononcé par le Préfet en cas :
 d’arrêt du GAEC (dissolution, absorption),
 de transformation en une autre forme juridique (sociétaire ou individuelle),
 de non respect des obligations réglementaires.

Le retrait de la transparence peut être prononcé par le préfet en cas :
 de non respect des critères sur la base desquels le GAEC a été agréé,
 de non respect des instructions réglementaires.

La perte de transparence est effective pour la campagne PAC en cours où le manquement a été constaté et jusqu’à la campagne suivant la date de sa mise en conformité.